自我練習

依照老師上課PPT第37頁的流程，自己跑一遍

hexosaminidase A

先進入http://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/

輸入hexosaminidase A

Select gene

會到下列的網址:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?term=hexosaminidase%20a%5BAll%20Fields%5D&cmd=DetailsSearch

接著到視窗右邊的Find related data選nucleotide，再選RefSeqGene

接著再到視窗右邊的Find related data選nucleotide，下列選項會有mRNA

輸入hexosaminidase A AND human[orgn]

及會到下列的網址:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?term=hexosaminidase%20a%5BAll%20Fields%5D%20AND%20%22Homo%20sapiens%22%5BOrganism%5D&cmd=DetailsSearch

之後至視窗右邊的Find related data選OMIM

其他的連結可以點進去搜尋看看

NCBI還有提供BLAST的功能:

依照老師的PPT 43~50頁的操作方式自我練習一次

我選我做的dengue virus nonstructural protein 1 定序的結果來進行blast

給予的Enter Query Sequence:

>RT-PCR Product

GCTTGGAAAAAGAACTGAAGTGTGGCAGTGGGATTTTCATCACAGACAACGTGCACACATGGACAGAACAATACAAGTTCCAACCAGAATCCCCTTCAAAACTAGCTTCAGCTATCCAGAAAGCTCATGAAGAGGGCATTTGTGGAATCCGCTCAGTAACAAGACTGGAAAATCTGATGTGGAAACAAATAACACCAGAATTGAATCACATTCTATCAGAAAATGAGGTGAAGTTGACTATTATGACAGGAGACATCAAAGGAATCATGCAGGCAGGAAAACGATCTCTGCGGCCCCAGCCCACTGAGCTGAAGTATTCATGGAAAACATGGGGCAAAGCGAAAATGCTCTCTACAGAGTCTCATAACCAGACCTTTCTCATTGATGGCCCCGAAACAGCAGAATGCCCCAACACAAACAGAGCTTGGAATTCGCTGGAAGTTGAAGACTATGGCTTTGGAGTATTCACCACCAATATATGGCTAAAGTTGAGAGAAAAGCAGGATGTATTCTGCGACTCAAAACTCATGTCAGCGGCCATAAAAGACAACAGAGCCGTCCATGCCGATATGGGTTATTGGATAGAAAGTGCACTCAATGACACATGGAAGATAGAGAAAGCCTCTTTCATCGAAGTTAAAAGCTGCCACTGGCCAAAGTCACACACCCTCTGGAGTAATGAAGTGCTAGAAAGTGAGATGATAATTCCAAAGAATTTCGCTGGACCAGTGTCACAACACAACTACAGACCAGGCTACCATACACAAACAGCAGGACCATGGCATCTAGGTAAGCTTGAGATGGACTTTGATTTCTGCGAAGGAACCACAGTGGTGGTGACTGAGGACTGTGGAAATAGAGGACCCTCTTTAAGAACAACTACTGCCTCTGGAAAACTCATAACAGAATGGTGCTGCCGATCTCGCACATTACCACCGCTAAGATACAGAGGTGAGGACGGATGCTGGTACGGGATGGAAATCAGACCATTGAAAGAGAAAGAAGAGAATTTGGTCAACTCCTTGGTCACAGCCCTGACTCGAGCACCACC

Enter Subject Sequence:

從 Viral Bioinformatics Resource Center所得到的Sequence

網址如下: http://www.biovirus.org/sequence_info.asp?gene_id=35038#tabRow

BLAST的結果如下:

BLASTN 2.2.24+

Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and

Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA

sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.

RID: BXYEDGMT111

Query=  RT-PCR Product

Length=1051

                                                                   Score     E

Sequences producing significant alignments:                       (Bits)  Value

lcl|50941  NGC strain                                              1868    0.0 

ALIGNMENTS

>lcl|50941 NGC strain

Length=1056

 Score = 1868 bits (1011),  Expect = 0.0

 Identities = 1021/1026 (99%), Gaps = 0/1026 (0%)

 Strand=Plus/Plus

Query  9     AAAGAACTGAAGTGTGGCAGTGGGATTTTCATCACAGACAACGTGCACACATGGACAGAA  68

             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  31    AAAGAACTGAAGTGTGGCAGTGGGATTTTCATCACAGACAACGTGCACACATGGACAGAA  90

Query  69    CAATACAAGTTCCAACCAGAATCCCCTTCAAAACTAGCTTCAGCTATCCAGAAAGCTCAT  128

             |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  91    CAATACAAGTTCCAACCAGAATCCCCTTCAAAGCTAGCTTCAGCTATCCAGAAAGCTCAT  150

Query  129   GAAGAGGGCATTTGTGGAATCCGCTCAGTAACAAGACTGGAAAATCTGATGTGGAAACAA  188

             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  151   GAAGAGGGCATTTGTGGAATCCGCTCAGTAACAAGACTGGAAAATCTGATGTGGAAACAA  210

Query  189   ATAACACCAGAATTGAATCACATTCTATCAGAAAATGAGGTGAAGTTGACTATTATGACA  248

             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  211   ATAACACCAGAATTGAATCACATTCTATCAGAAAATGAGGTGAAGTTGACTATTATGACA  270

Query  249   GGAGACATCAAAGGAATCATGCAGGCAGGAAAACGATCTCTGCGGCCCCAGCCCACTGAG  308

             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||

Sbjct  271   GGAGACATCAAAGGAATCATGCAGGCAGGAAAACGATCTCTGCAGCCCCAGCCCACTGAG  330

Query  309   CTGAAGTATTCATGGAAAACATGGGGCAAAGCGAAAATGCTCTCTACAGAGTCTCATAAC  368

             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  331   CTGAAGTATTCATGGAAAACATGGGGCAAAGCGAAAATGCTCTCTACAGAGTCTCATAAC  390

Query  369   CAGACCTTTCTCATTGATGGCCCCGAAACAGCAGAATGCCCCAACACAAACAGAGCTTGG  428

             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  391   CAGACCTTTCTCATTGATGGCCCCGAAACAGCAGAATGCCCCAACACAAACAGAGCTTGG  450

Query  429   AATTCGCTGGAAGTTGAAGACTATGGCTTTGGAGTATTCACCACCAATATATGGCTAAAG  488

             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  451   AATTCGCTGGAAGTTGAAGACTATGGCTTTGGAGTATTCACCACCAATATATGGCTAAAG  510

Query  489   TTGAGAGAAAAGCAGGATGTATTCTGCGACTCAAAACTCATGTCAGCGGCCATAAAAGAC  548

             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  511   TTGAGAGAAAAGCAGGATGTATTCTGCGACTCAAAACTCATGTCAGCGGCCATAAAAGAC  570

Query  549   AACAGAGCCGTCCATGCCGATATGGGTTATTGGATAGAAAGTGCACTCAATGACACATGG  608

             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  571   AACAGAGCCGTCCATGCCGATATGGGTTATTGGATAGAAAGTGCACTCAATGACACATGG  630

Query  609   AAGATAGAGAAAGCCTCTTTCATCGAAGTTAAAAGCTGCCACTGGCCAAAGTCACACACC  668

             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  631   AAGATAGAGAAAGCCTCTTTCATCGAAGTTAAAAGCTGCCACTGGCCAAAGTCACACACC  690

Query  669   CTCTGGAGTAATGAAGTGCTAGAAAGTGAGATGATAATTCCAAAGAATTTCGCTGGACCA  728

             ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  691   CTCTGGAGTAATGGAGTGTTAGAAAGTGAGATGATAATTCCAAAGAATTTCGCTGGACCA  750

Query  729   GTGTCACAACACAACTACAGACCAGGCTACCATACACAAACAGCAGGACCATGGCATCTA  788

             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  751   GTGTCACAACACAACTACAGACCAGGCTACCATACACAAACAGCAGGACCATGGCATCTA  810

Query  789   GGTAAGCTTGAGATGGACTTTGATTTCTGCGAAGGAACCACAGTGGTGGTGACTGAGGAC  848

             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  811   GGTAAGCTTGAGATGGACTTTGATTTCTGCGAAGGAACCACAGTGGTGGTGACTGAGGAC  870

Query  849   TGTGGAAATAGAGGACCCTCTTTAAGAACAACTACTGCCTCTGGAAAACTCATAACAGAA  908

             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  871   TGTGGAAATAGAGGACCCTCTTTAAGAACAACTACTGCCTCTGGAAAACTCATAACAGAA  930

Query  909   TGGTGCTGCCGATCTCGCACATTACCACCGCTAAGATACAGAGGTGAGGACGGATGCTGG  968

             ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  931   TGGTGCTGCCGATCTTGCACATTACCACCGCTAAGATACAGAGGTGAGGACGGATGCTGG  990

Query  969   TACGGGATGGAAATCAGACCATTGAAAGAGAAAGAAGAGAATTTGGTCAACTCCTTGGTC  1028

             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct  991   TACGGGATGGAAATCAGACCATTGAAAGAGAAAGAAGAGAATTTGGTCAACTCCTTGGTC  1050

Query  1029  ACAGCC  1034

             ||||||

Sbjct  1051  ACAGCC  1056