Protein-Protein Interaction

利用網路上提供的STRING 8.3來看欲探討某protein與其他protein之間的交互作用
http://string.embl.de/newstring_cgi/show_input_page.pl?UserId=OtTDdNLsOyOX&sessionId=XmR18k3OQNwf

輸入p53 Organism選擇 Homo sapiens，接著按下GO
當然也可以輸入protein sequence

再選擇想要看與哪個protein有交互作用，按下continue
confidence view

還可以選擇下列的不同功能來看

Evidence view

我們可以選取一個與TP53有交互作用的蛋白質來看他的結構，舉MDM2為例:

還可以選擇下列的不同參數來看

得到如圖示:  

再看別的不同參數

因而產生不同的交互作用圖示:

還可用不同的view來看

選擇Occurence view來看

還可以選擇Experiment來試試

另外一個網站BOND

http://bond.unleashedinformatics.com/Action?pg=0

輸入p53按下GO

再選擇interactions

接著選擇不同的View

會出現不同的結果

Use MBDB analyze 2D gel

藉由2D gel跑出來的點進行Peptide Fingerprint Map，需要打Mass spectrum，之後出來的結果進行分析。
利用老師給的結果，進入MASCOT reserch來分析，附上網址:
http://www.matrixscience.com/search_form_select.html

接著選擇peptide Mass Fingerprint，進入下列視窗

輸入你的姓名、E-mail、search title、Detabase、欲切的enzyme、Taxonomy、Fixed
modifications、Variable modifications、Peptide tol. ±等等的需求，之後上傳你的Date File
就可以開始搜尋

出來的結果

可以點進去看一下分析的結果

Gene ontology project

進入http://www.geneontology.org/，之後對於自己有興趣的protein進行搜索

由於我想搜尋的Dengue Virus nonstructural protein 1沒有結果

於是我隨便找了一個oncogene p53

接著，可以設定filter來找出自己想要的資料

接下來點選 View Tree

之後，再從結果中選出一個想看的基因功能

在右邊的框框內有Graphical View點選進去
即可以得到tree

Microarray-Multiple Array Viewer

開啟Multiple array viewer 點選File內的Load Data

選 Select File Loader內的 other Format Files 之 GenePix Format Files

按Browse 開啟 microarray_data 所有檔案

Add All

Load

選上列的Adjust Data內的Normalization的 Total Intensity

選Clustering內的Hierachical Clustering

 先勾選Gene Tree，即可做出1D HCL Tree(1)

再勾選Gene Tree and Sample Tree，即可做出2D HCL Tree(2)

選Visualization的 Gene Distance Matrix

選擇Clustering內的k-Means/Medians Clustering

選Clustering內的Cluster Affinity Search Technique,再進行Normalization,如圖示