phylogentic tree

將dengue virus type 2 strain PL046的amino acid貼至BLAST protein， 之後得到BLAST的結果，選9個不同strain的amino acid先貼到記事本，再到Bioedit進行alignment，匯出檔案存成phylip4的檔案型式，貼到phylip3.67內的exe資料夾(如圖示)，並將資料夾選項內隱藏檔案的附檔名稱不要勾選，將匯出的檔案改成infile，開始進行MP和ML。

MP:

選seqboot.exe,

按y

按1

將outfile改成infile

選protpars

 

按M

按D

按100

按1

按1

按y

Outtree改成intree

選consense.exe

Outfile改掉

Outtree可以用tree view or Hyper tree看

ML:

選seqboot.exe,

按y

1

選proml.exe

M

D

100

1

1

Outtree改成intree

選Consense.exe

Outfile改掉

Outtree可以用tree view or Hyper tree看

DNA 做NJ和UPGMA，先將DV2 strainPL046的DNA sequence 至BLAST搜尋到同源的DNA sequence選9個不同的序列來做，將其以記事本的檔案格式儲存

開啟CLC Main Workbench 5.7.1

開file將儲存好的檔案import，之後進行alignment

再選擇creat tree，即可做出NJ和UPGMA

NJ:

UPGMA:

 

Alignment

開啟CLC Main Workbench 5.7.1→開始新檔案→點File內的import→將老師給予的sequence匯入→之後選 joining sequence→將檔案以FASTA format匯出→到NCBI BLAST

結果:

選了Homo sapiens insulin (INS), mRNA

點選紅色框框的send選 complete record和file ，Format 選FASTA儲存

回到Bioedit進行alignment

Protein Alignment:

用BioEdit將老師給予的DATA import ，再選Accessory Application內的ClustalW Multiple alignment: